ด้านกฏกระทรวงจัดตั้งส่วนราชการในมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลตะวันออกกระทรวงศึกษา พ.ศ. 2549 ซึ่งประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่ม 123 ตอนที่ 118 ก มีผลบังคับใช้ตั้งแต่ วันที่ 27 พฤศจิกายน 2549 เป็นต้นไป กำหนดให้จัดตั้งส่วนราชการในมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลตะวันออกเป็น 12 หน่วยงาน และประกาศกระทรวงศึกษาธิการ เล่ม 124 ตอนพิเศษ 59 ง มีผลบังคับใช้ตั้งแต่วันที่ 16 พฤษภาคม 2550 เป็นต้นไป กำหนดให้แบ่งส่วนราชการในสำนักงานอธิการบดีออกเป็นกอง จำนวน 5 กอง มติสภามหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลตะวันออก ในการประชุมครั้งที่ 23/2560 เมื่อวันที่ 19 ตุลาคม 2560 และมติคณะกรรมการบริหารมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลตะวันออก ในการประชุมครั้งที่ 5/2560 เมื่อวันที่ 14 กันยายน 2560 เพื่อให้การบริหารงานภายในมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลตะวันออก เป็นไปด้วยความเรียบร้อย อาศัยอำนาจตามมาตรา 8 วรรคแปด และมาตรา 9 วรรคสาม มาตรา 24 และมาตรา 27(1) และ (2) แห่งพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคล พ.ศ. 2548 จึงกำหนดการแบ่งส่วนราชการของมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลตะวันออก ดังนี้ โดยให้ยกเลิกประกาศมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลตะวันออก เรื่อง การแบ่งส่วนราชการในกอง สังกัดสำนักงานอธิการบดี ลงวันที่ 16 มิถุนายน 2553 และประกาศมหาวิทยาลัยฯ เรื่อง การแบ่งส่วนราชการในกองกลาง สังกัดสำนักงานอธิการบดี ลงวันที่ 28 พฤษภาคม 2556 พร้อมทั้งให้แบ่งส่วนราชการในกอง สังกัดสำนักงานอธิการบดี โดยศูนย์บ่มเพาะวิสาหกิจ เป็นส่วนราชการที่ได้รับการจัดตั้งตามประกาศ ณ วันที่ 7 ธันวาคม 2560ศูนย์บ่มเพาะวิสาหกิจ มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลตะวันออก ประกอบด้วย 1. งานบริหารงานทั่วไป 2. งานบ่มเพาะผู้ประกอบการ 3. งานสร้างความตระหนักสถานประกอบการ จัดตั้งขึ้นเพื่อให้เป็นหน่วยงานที่มีภารกิจหลัก ดังนี้- นำความรู้และประสบการณ์ งานวิจัยของอาจารย์ในมหาวิทยาลัย และเครือข่าย มาใช้ในการสร้างและพัฒนา ผู้ประกอบการรุ่นใหม่ - นำความรู้และเทคโนโลยีไปสู่การปฏิบัติเชิงพาณิชย์ รวมทั้งการสร้างเสริมประสบการณ์เชิงปฏิบัติให้กับนักศึกษา อาจารย์ และบุคลากรของมหาวิทยาลัย - เตรียมความพร้อมในการสร้างของนักศึกษาที่ต้องการเป็นผู้ประกอบการ เพื่อประกอบธุรกิจในอนาคต สร้าง สนับสนุน และส่งเสริม ผู้ที่มีความประสงค์ ทั้งบัณฑิต ประชาชนผู้สนใจทั่วไป หรือให้เป็นผู้ประกอบการรุ่นใหม่ที่มีศักยภาพให้สามารถเริ่มต้นดำเนินธุรกิจหรือพัฒนาธุรกิจที่ยังไม่ประสบความสำเร็จในเชิงธุรกิจให้มีศักยภาพ เข้มแข็งและยั่งยืน